Виной всему описанному синхронизатор 3-4 передачи. Он одно целое для обоих передач. Была аналогичная проблема, только до четвертой передачи не дошло. Снял синхронизатор выпрямил его на прессу(он что-то вроде алюминия, выгнулся видимо от перегрева, точно не знаю) и развернул ту сторону что была изогнута к 4 передаче. Хруст пропал. Единственное идеально выровнять не получилось, четвертая на больших оборотах заходит туговато но без хруста. А с Христом в 3 передаче машина ездила около 4 лет.